Một chiến thắng lớn của Mughal vào năm 1576, trong đó Akbar chiếm Bengal, được theo sau bởi bốn thập kỷ nỗ lực dành riêng để đánh bại những kẻ nổi loạn ở vùng Bhati.[49] Chiến thắng ban đầu đi kèm với sự tàn phá và bạo lực nghiêm trọng.[61] Người Mughals bị người Bengal phản đối. Akbar đã bổ nhiệm một người hầu theo đạo Hindu là Raja Man Singh làm thống đốc của Bengal. Singh dựa trên quyền cai trị của mình tại Rajmahal, Bihar, nghĩ rằng ông có thể quản lý khu vực xa hơn.[48]

Bara Bhuiyan, hoặc mười hai địa chủ, chống lại Mughal[62] nỗ lực thôn tính Bengal. Địa chủ chủ yếu là quý tộc Afghanistan và Hindu.[49] Pratapaditya là một trong những địa chủ theo đạo Hindu trong số các nhà lãnh đạo này. Họ được lãnh đạo bởi địa chủ Isa Khan, người đóng tại Sonargaon. Isa Khan được biết đến với khả năng chống lại sự cai trị từ bên ngoài, đặc biệt là từ những người lính nói tiếng Urdu và Delhi. Hành động của anh ấy được coi là nguồn cảm hứng vào năm 1971.[62]

Các địa chủ đã dẫn đầu một cuộc nổi dậy rộng rãi.[62] Cả người Mughals và phiến quân đều thực hiện các hành động tàn bạo như thảm sát, hãm hiếp và cướp bóc.[49] Họ đánh bại hải quân Mughal vào năm 1584. Sau đó, các trận chiến này tiếp tục trên bộ. Năm 1597, họ lại đánh bại hải quân Mughal, tuy nhiên, Isa Khan chết vào năm sau đó. Cuộc đấu tranh chống lại sự cai trị của Mughal suy yếu. Man Singh, nhận ra giá trị chiến lược của việc kiểm soát Dhaka để quản lý miền đông Bengal, đã tạo ra một căn cứ quân sự ở đó.[62] Ông cũng nhận ra tiện ích của nó trong việc kiểm soát ảnh hưởng của người Aranakese và Bồ Đào Nha.[49]

Căn cứ này trở nên quan trọng hơn vào cuối những năm 1500 khi sông Hằng bắt đầu chuyển hướng. Sự thay đổi dòng chảy của sông đã cho phép khai phá và thu hoạch nhiều đất hơn. Các tuyến đường thủy của Dhaka cho phép dễ dàng di chuyển binh lính đến các vùng khác nhau của Bengal.[62] Năm 1610, Dhaka trở thành thủ phủ của tỉnh. Sau đó, một số khung dệt muslin nổi tiếng trên thế giới đã chuyển đến Dhaka từ Sonargaon. Dhaka phát triển mạnh mẽ với tư cách là một trung tâm hành chính và thủ công.[62]

Vùng Bengal trong lịch sử là một trung tâm quốc tế của nhiều hoạt động khác nhau. Những người buôn bán, khách hành hương và những người du hành đã vượt qua Bengal để đến Nepal và Tây Tạng. Các tuyến đường thủy của Bengal là nơi giao lưu giữa các dân tộc. Năm 1346, nhà du hành Maroc Ibn Battuta đi theo con đường thương mại qua Sri Lanka khi ông đi đến Bengal từ Maldives vào năm 1346.[63] Vào những năm 1300, Bengal đã trao đổi thóc của mình cho các xưởng chăn nuôi bò từ Maldives. Bằng chứng từ những năm 1500 chứng minh rằng gạo trồng ở Bengal đã được ăn đến tận miền đông Indonesia và Goa. Bengal cũng đồng thời xuất khẩu các nguyên liệu và thực phẩm khác. Thương nhân Bengali thống trị thương mại với Đông Nam Á.[64] Các thương nhân Trung Quốc trong những năm 1400 và 1500 đã giới thiệu vàng, sa tanh, lụa, bạc và đồ sứ.[64] Một khách du lịch châu Âu vào năm 1586 đã báo cáo rằng chất lượng vải bông được sản xuất ở Sonargaon tốt hơn so với các vùng khác của tiểu lục địa. Những loại vải này đã được gửi đến các thị trường quốc tế.[65]

Dưới thời Đế chế Mughal, có 25% GDP của thế giới, Bengal Subah đã tạo ra 50% GDP của đế chế và 12% GDP của thế giới.[66] Bengal, tỉnh giàu có nhất của đế chế,[66] là một vùng giàu có với đa số Hồi giáo Bengali và thiểu số Ấn giáo Bengali. Theo nhà sử học kinh tế Indrajit Ray, nó nổi bật trên toàn cầu trong các ngành như sản xuất dệt may và đóng tàu.[67]

Dhaka được thống đốc đổi tên thành Jahangirnagar cho Jahangir, hoàng đế.[49] Thống đốc đã đánh bại và khiến các thủ lĩnh chấp nhận quyền lực của Mughal.[49] Trong thời kỳ cai trị của Mughal, kiến trúc của Dhaka đã được phong phú hóa. Năm 1678, con trai của Aurangzeb bắt đầu xây dựng pháo đài Lalbagh, bao quanh lăng mộ của cháu gái Nur Jahan.[62] Các tòa nhà Mughal còn sót lại là Bara Katra, Chhota Katra và Husaini Dalan (một nhà thờ Hồi giáo Shi'a).[68]

Trong thời kỳ cai trị của Mughal, nhiều quản trị viên dân sự và quân sự đã vào Bengal. Rất nhiều quan chức này đã nhận được tiền cấp đất và trở thành cư trú. Bất chấp sự thống trị của người theo đạo Hindu đối với tầng lớp có ruộng đất, người Hồi giáo đã hình thành một bộ phận quan trọng và duy trì việc sở hữu các khoản trợ cấp đất đáng kể cho đến khi cải cách ruộng đất sau năm 1947.[69]

Hình thức chính phủ của Bengal ít cứng rắn hơn so với các chính phủ ở các vùng khác của đế chế Mughal. Người Mughals khẳng định một hình thức cai trị tập trung trên cơ cấu hành chính địa phương khác nhau. Do đó, các nhà cai trị địa phương quản lý quyền kiểm soát ở các vùng nông thôn. Những "zamindars" này tự trị và là một tầng lớp ưu tú thế tục,[70] phân biệt với quần chúng thông thường bởi thẩm quyền của họ.[71] Họ ở Bangladesh hiện đại như Chowdhury, Khan, Sarkar và Talukdar bắt nguồn từ tên các cấp bậc trong giới thượng lưu Mughal.[61] Lực lượng ưu tú này hoạt động cùng với các quan chức Mughal. Nhiệm vụ của sau này là giữ phí thu thuế. Diwan là nhân viên thuế quan trọng nhất và được lựa chọn trực tiếp bởi người cai trị Mughal. Mỗi cuộc chinh phục của Mughal ở Bengal đều đi kèm với việc thành lập một thana (đồn trú) nhằm mục đích duy trì hòa bình. Sau đó, lãnh thổ sẽ được sáp nhập vào hệ thống hành chính của đế chế. Trong hệ thống của đế chế, mỗi tỉnh sẽ bao gồm một số vùng, được gọi là "sarkar", đến lượt nó sẽ được tạo thành từ các phân khu gọi là parganas. Cấp thấp nhất trong hệ thống là mouza (làng doanh thu).[61]

Vùng đất nông nghiệp biên giới dưới thời cai trị của Mughal vào những năm 1500 bắt đầu di chuyển về phía đông của Bengal. Năng suất nông nghiệp của vùng tăng lên. Để tăng doanh thu, chính quyền Mughal đã xúc tiến việc phát quang rừng và trồng lúa nước. Các quan chức đã cấp đất cho các doanh nhân sẵn sàng nộp thuế để đổi lấy quyền đối với đất đai. Những người thực dân đòi hỏi lao động và điều này có lợi cho tầng lớp tôn giáo.[72] Hầu hết các cộng đồng trong khu vực là thợ thuyền và ngư dân bên lề xã hội, trên danh nghĩa là người theo đạo Hindu nhưng trên thực tế có quan hệ rất yếu với đạo Hindu. Đây là những người lao động trồng lúa và sẽ chiếm phần lớn tầng lớp nông dân ở đông Bengal.[73] Việc cấp đất sẽ yêu cầu xây dựng một ngôi đền và những người thực dân sẽ thu thập những người định cư xung quanh những ngôi đền này. Xã hội được sắp xếp xung quanh ngôi đền. Các cộng đồng mới sẽ tham gia vào việc khai phá rừng và trồng trọt. Người dân địa phương sáp nhập với những cộng đồng này hoặc chuyển đi nơi khác trong khi vẫn giữ mối liên hệ buôn bán với những người trồng lúa.[72]

Chính phủ Mughal không có thái độ khuyến khích Hồi giáo trong khu vực và những người theo đạo Hindu là những người tiên phong được chính phủ ủng hộ. Nhưng hầu hết những người tiên phong là người Hồi giáo. Một số lượng lớn trong số họ là trụ. Richard Eaton khẳng định rằng Hồi giáo được hiểu là có liên quan đến việc mua lại đất đai được chính phủ chấp nhận ở miền đông Bengal vốn chỉ có mối liên hệ yếu với nền văn minh Hindu. Các truyền thống và nghi lễ của miền đông Bengal, các nhà thờ Hồi giáo và đền thờ hòa quyện vào nhau. Hồi giáo lan rộng ở Bengal vì bản địa hóa của nó. Các cơ quan Hồi giáo đã được đưa vào vũ trụ học đương đại, sau đó được liên kết với các thần linh địa phương và cuối cùng các cơ quan Hồi giáo tiếp quản văn hóa địa phương.[72] Những người theo đạo Hindu tại địa phương, để đáp lại sự cải đạo, đã đóng cửa hàng ngũ và trở nên bảo thủ hơn, trục xuất những người bị 'ô nhiễm' do tiếp xúc với người Hồi giáo. Điều này làm tăng số lượng người Hồi giáo.

Hai Subahdars Mughal vĩ đại

Hồi giáo Khan

Islam Khan được phong làm Subahdar của Bengal vào năm 1608 bởi hoàng đế Mughal Jahangir. Ông cai trị Bengal từ thủ đô Dhaka mà ông đổi tên là Jahangir Nagar.[74] Nhiệm vụ chính của anh là khuất phục Rajas nổi loạn, Bara-Bhuiyans, Zamindars và các tù trưởng Afghanistan. Ông đã chiến đấu với Musa Khan, thủ lĩnh của Bara-Bhuiyans, và đến cuối năm 1611, Musa Khan bị khuất phục.[74] Islam Khan cũng đã đánh bại Pratapaditya của Jessore, Ram Chandra của Bakla và Ananta Manikya của Bhulua. Ông sáp nhập vương quốc Kamrup và khuất phục Koch Bihar và Kachhar, do đó nắm toàn quyền kiểm soát toàn bộ Bengal, ngoài Chittagong.[74]

Shaista Khan

Shaista Khan được bổ nhiệm làm Subahdar (Thống đốc) của Bengal sau cái chết của Mir Jumla II vào năm 1663.[75] Ông là thống đốc tại vị lâu nhất của Bengal. Ông cai trị tỉnh từ trụ sở hành chính của mình ở Dhaka trong gần 24 năm từ 1664 đến 1688.[75]

Danh tiếng lớn của Shaista Khan ở Bengal chủ yếu nhờ vào cuộc tái chinh phục Chittagong. Mặc dù Chittagong nằm dưới sự kiểm soát của Bengal trong triều đại của Sultan Fakhruddin Mubarak Shah vào giữa thế kỷ 14, nhưng sau đó nó đã rơi vào tay những người cai trị Arakanese. Shaista Khan dành ưu tiên cho việc chiếm lại Chittagong, và đã có thể làm như vậy vào tháng 1 năm 1666. Cuộc chinh phục đã mang lại sự nhẹ nhõm và hòa bình cho người dân Chittagong vì những tên cướp biển đã gây ra sự đau khổ lớn cho người dân địa phương.[75]